NGS-QC: Next Generation Sequencing Quality Control Generator
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| 運用機関名: | Institute of Genetics and Molecular and Cellular Biology |
| 運用機関所在国・地域: | フランス |
| 説明: | NGS-QC databaseはChIP-seqおよびターゲットエンリッチメントNGSデータのquality control (QC)情報を集めたデータベースです。GEOなどの公開データベースから8万件以上のデータセットを格納しています。生物種やターゲット分子、QCの信頼度などによる検索が行なえます。検索結果はscatter plot上に表示され、異なるデータセット間のQCの信頼度を比較することができます。 NGSデータからのQC予測・評価システムNGS-QC GeneratorはウェブベースプラットフォームGalaxyで利用できるツールとして公開されており、ユーザーは自身のNGSデータを解析し、データベース登録データとの比較を行なうことができます。 他に、クロマチン相互作用解析（HiC, ChIAPET, 4C-seqなど）を対象とした品質スコアのデータベースLOGIQA database、および、ゲノムデータにアクセスできるQC Genomicsなどのコンテンツも利用できます。 |
| 生物種: | , , , , , , , , , |
| タグ （対象）: | ゲノム/遺伝子, エピジェネティクス, DNA, RNA, タンパク質 |
| タグ (データの種類): | 発現, 相互作用/パスウェイ |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | ― |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | http://www.ngs-qc.org/guidelines.php |
| データベースの連絡先: | contact[at]ngs-qc[dot]org |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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Factorbook CistromeDB Integrative Disease Omics Database （iDOx DB） MethMotif SwissRegulon DAnCER GeneProf Araport EWAS Atlas piRBase |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2020-03-10 |
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レコード最終更新日:
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2020-03-10 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |