HACER: Human ACtive Enhancer to interpret Regulatory variants
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| 運用機関名: | Vanderbilt University Medical Center |
| 運用機関所在国・地域: | アメリカ合衆国 |
| 説明: | ヒトの転写調節バリアントを解釈するためのエンハンサーのデータベースです。 GRO-seq、PRO-seq、CAGEデータからエンハンサーの情報を収集しています。細胞型特異的エンハンサー情報だけでなく、転写因子とエンハンサー間の結合や検証済みのクロマチン相互作用の情報を統合し、エンハンサーを転写調節ネットワークに結び付けたアトラスを提供しています。各エントリには、エンハンサーの位置、配列、細胞タイプなど基本情報と、結合する転写因子、ターゲット遺伝子、GWAS解析からエンハンサー内のSNPs情報、eQTL (expression Quantitative Trait Locus) に関する情報が収録されています。細胞タイプによる絞り込み、SNP、遺伝子、エンハンサー領域による検索が可能です。 |
| 生物種: | |
| タグ （対象）: | ゲノム/遺伝子, DNA, 遺伝的多様性, 細胞/オルガネラ, 健康/疾患 |
| タグ (データの種類): | 配列, 発現, 相互作用/パスウェイ |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | http://bioinfo.vanderbilt.edu/AE/HACER/download.html |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | http://bioinfo.vanderbilt.edu/AE/HACER/download/format.txt |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | http://bioinfo.vanderbilt.edu/AE/HACER/manual.html |
| データベースの連絡先: | http://bioinfo.vanderbilt.edu/AE/HACER/contact.html |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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OncoBase ReMap HmtVar HaploReg Beijing Genomics Institute Rice Information System RNA Binding Protein Variant Database FlyFactorSurvey Genome Network Platform SNP2APA Factorbook |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2019-11-05 |
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レコード最終更新日:
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2019-11-05 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |