TEC database: Transcription Profile of Escherichia coli database
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| 運用機関名: | 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター (J-Globalへのリンク), TEC group |
| 運用機関所在国・地域: | 日本 |
| 説明: | 大腸菌の全シグマ因子・転写因子とその制御標的遺伝子セットを格納したデータベースです。新規に開発したGonomic SELEX法により、全シグマ因子・転写因子の認識配列を同定しています。転写因子を指定しての制御標的遺伝子リスト、ゲノム上の結合部位と強度を示すSELEXパターンやヒートマップ、複数の転写因子の結合部位パターンの同一画面上での表示など、多様な検索が可能です。Cytoscapeを利用して遺伝子制御ネットワークを生成することもできます。SELEX実験データのダウンロードも可能です。 |
| 生物種: | |
| タグ （対象）: | ゲノム/遺伝子, DNA, タンパク質, 個体/種 |
| タグ (データの種類): | 配列, 相互作用/パスウェイ |
| 論文等 (PubMed ID/DOI): | PubMed ID: DOI: |
| 言語: | 英語 |
| 稼動状況: | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク: | https://shigen.nig.ac.jp/ecoli/tec/download/ |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明: | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク: | ― |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先: | ― |
| API / SPARQL endpoint: | ― |
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LSDBアーカイブへのリンク:
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MEDALSデータベース便覧へのリンク:
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統合TVへのリンク:
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FAIRsharingへのリンク:
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類似データベース:
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FlyFactorSurvey YPA PROkariotIC Database Of Gene-Regulation Factorbook Transmembrane Helices in Genome Sequences PAZAR DPInteract ReMap Integrated Microbial Genomes Saccharomyces cerevisiae Transcription Factor Database |
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レコード管理者:
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Integbio Database Catalog |
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レコードの由来:
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レコード公開日:
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2019-01-15 |
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レコード最終更新日:
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2019-01-15 |
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本レコードの利用条件:
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Creative Commons CC0 license |